「B04-036 剣帝神器サイクロトロン」がトラッシュやリソース、チャージなどスクエア以外の場所に置かれている時、何らかの効果で選ぶことはできますか。

はい、できます。「B04-036 剣帝神器サイクロトロン」の絶界はスクエアに置かれている時のみ効果を発揮します。